Præsident for Selskabet er den til enhver tid regerende monark. Selskabet ledes af en bestyrelse, der består af en vicepræsident, en kasserer, en sekretær og en redaktør.
Bestyrelsen vælges af og blandt Selskabets medlemmer for en treårig periode.
Bestyrelsen består p.t. af Carsten U. Larsen (vicepræsident), advokat Georg Lett (kasserer), pens. museumsinspektør Peter Vang Petersen, Nationalmuseet (sekretær) og pens. museumsinspektør Per Kristian Madsen (redaktør), arkæolog Sandie Holst, arkæolog Laurine Albris og arkæolog Claus Rohden Melin.
Frederik VI blev i 1828 "Det Kongelige Nordiske Oldskriftselskabs" første præsident.