Selskabet ledes af en bestyrelse, der består af en vicepræsident, en kasserer, en sekretær og en eller flere redaktører.
Bestyrelsen vælges af og blandt Selskabets medlemmer for en treårig periode.
Bestyrelsen består af Per Kristian Madsen (vicepræsident), advokat Bergthor Bergsson (kasserer), pens. museumsinspektør Peter Vang Petersen, Nationalmuseet (sekretær) og seniorforsker Anne Pedersen, arkæolog Sandie Holst (redaktør), arkæolog Sofie Laurine Albris (redaktør) og arkæolog Claus Rohden Melin Bagge (redaktør).
Frederik VI blev i 1828 "Det Kongelige Nordiske Oldskriftselskabs" første præsident.